Willkommen bei GREENGATE GENOMICS

Bioinformatische
Lösungen

für komplexe mikrobiologie

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Über
GREENGATE GENOMICS

GreenGate Genomics ist ein Bioinformatik-Dienstleistungs-Startup, das sich auf mikrobielle und umweltbezogene Genomik spezialisiert hat. Gegründet im Jahr 2023 von fünf Forschern am Deutschen GeoForschungsZentrum GFZ, hat GreenGate Genomics die Mission, die Entschlüsselung und Analyse mikrobieller genetischer Daten einfacher, zugänglicher und anwendbarer zu machen. Bestehend aus einem Team von erfahrenen Bioinformatikern und molekularen Mikrobiologen nutzen wir fortschrittliche, hochmoderne Techniken und Arbeitsabläufe, um eine umfassende Analyse und Interpretation mikrobieller genomischer Daten zu ermöglichen. Die individuell anpassbaren Produkte und Dienstleistungen von GreenGate Genomics richten sich an die Bedürfnisse von Wissenschaftlern, Forschern, Biotechnologieunternehmen oder medizinischen Fachkräften und ermöglichen diesen Einblicke in die oft komplexe Landschaft mikrobieller Vielfalt und Prozesse.

GREENGATE GENOMICS
Produkte und Dienstleistungen

GreenGate Genomics bietet Produkte und Dienstleistungen im Bereich genomischer und bioinformatischer Analysen mit besonderer Expertise in Mikrobiologie und Molekularbiologie an. 

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GreenGate unterstützt Wissenschaftler, Institute und Unternehmen durch maßgeschneiderte genomsiche und bioinformatische Datenanalysen, die Erstellung von Analyse-Workflows und -Pipelines und/oder die Entwicklung und Durchführung von bioinformatischen Schulungen und Workshops.

Amplikon Datenanalyse

DNA basierend

  • Barcode/Primer Design 
  • Quality Control Workflows
  • ASV/OTU Bestimmung
  • Taxonomische Auswertung
  • Markergenanalyse
Mehr

Oxford Nanopore Daten

DNA basierend

  • Sequenzierung
  • Akkurates Basecalling
  • Errorkorrektur
  • Genomassemblierung
  • Metagenomische Analyse
Mehr

Illumina Daten

DNA basierend

  • Rohdaten Bearbeitung (paired-end / single-end)
  • (Co-)assemblierung von Sequenzen und Fragmenten
  • Metagenomische Analyse
  • Annotation
Mehr

METATRANSKriptom Analysen

RNA basierende Analysen

  • Rohdatenauswertung und Qualitätscheck
  • Assemblierung und Generkennung
  • Funktionale und Taxonomische Annotation von Genen
  • Differential Expression
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Beratung und Weiterbildung

Projektspezifische Untersützung

  • Beratung zum experimentellen Design
  • Projektspezifische Sequenzierberatung
  • Empfehlung von Datenanalyse Strategien
  • Weiterbildungen und Workshops
Mehr

Datenvisualisierung und Biostatistik

Tiefe Datenanalyse

  • Individuell anpassbare Abbildungen und graphische Darstellungen 
  • Rarefaction and Rank Abundance Curves
  • Alpha/Beta Diversitätsanalyse
  • Bestimmung von Indikatormikroorganismen
  • Generalisten und Spezialisten Analyse
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GREENGATE GENOMICS
TEAM

Alexander Bartholomäus
Chief Execution Officer (CEO)
Sizhong Yang
Chief Technical Officer (CTO)
Daniel Lipus
Chief Customer Officer (CCO)
Susanne Liebner
Scientific Advisor
Dirk Wagner
Scientific Advisor

Finde mehr über unser Team heraus!

GREENGATE GENOMICS
FALLSTUDIEN

Wir bei GreenGate Genomics verfügen über umfassendes Fachwissen im Bereich der mikrobiellen Umweltgenomik. Einige der Projekte, an denen wir teilgenommen haben, sind unten aufgeführt. Unsere Arbeit wurde auch in zahlreiche Forschungsartikeln in renommierten wissenschaftlichen Fachzeitschriften veröffentlicht. Diese Finden Sie auf unserer Veröffentlichungsliste.

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Oil and Gas Ecology

Evaluation of microbial abundance and composition patterns highlighted elevated potential for biocorrosion and well fouling. Statistical assessment suggested a link between biocide usage and microbial distribution. Reconstruction and characterization of draft genomes provided insights into microbial processes in oil and gas environments
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Methane-Cycling Microbiome in Permafrost

Taxonomic and functional profiling revealed high diversity of methane cycling microbiome residing in permafrost soil, with heterogeneous distribution patterns in active layer and permafrost. Diversity loss after excessive warming will lead to larger variability of production rate of greenhouse gas CH4 and CO2 from permafrost soils
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Deep Biosphere

Specifically adapted laboratory and bioinformatic workflows allowed the reconstruction of microbial distribution patterns down to a depth of 230 m across this, difficult to work with, low biomass environment. Metagenomic genome recovery allowed the detection and characterization of CO2 utilizing methangenic and chemolithotrophic mcirroganismans. Statistical evaluation provided insights into microbial co-occurrence patterns and bio-geo interactions.
BiocideResistenc_FeatureImages

Biocide Resistance

Differential expression analysis resulted in the identification of significantly upand downregulated genes in response to sodium hypochlorite. Following annotation of these genes, results were used to reconstruct cellular pathways which may be used by Pseudomonas biofilm cells to develop resistance to oxidative biocides.
Atacama_FeatureImages

Atacama Desert

Evaluating the extracellular and intracellular DNA fractions in soil and rock samples from different Atacama desert locations, it was possible to identify highly adapted microbial species, investigate their response to extreme arditty and UV exposure, and gather important insights on microbial turnover in Mars like environments.
Nanopore_FeatureImages

Nanopore Genome Sequencing

Oxford Nanopore Technologies (ONT) offers long read sequencing by nanopore sequencing. Long reads are well suited for genome reconstruction, still the workflow requires careful execution of different computational steps from basecalling to binning of final genome. Some steps of this workflow have a high influence on the size and quality of the final genome.

© 2023 greengategenomics.com

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