GREENGATE GENOMICS
Häufig Gestelle Fragen (FAQ)
Über Uns
GreenGate Genomics ist ein Biotechnologie-Startup mit Sitz in Potsdam. GreenGate Genomics wurde von einer Gruppe von Wissenschaftlern des Deutschen GeoForschungsZentrums (GFZ) gegründet und befindet sich in unmittelbarer Nähe zu diesem auf dem Forschungs- und Wissenschaftscampus Telegrafenberg. Die Mitarbeiter von GreenGate sind hochqualifizierte bioinformatische und mikrobiologische Wissenschaftler mit besonderer Expertise in den Bereichen Umwelt- und molekulare Mikrobiologie.
Leistungen
Wir bieten unseren Kunden eine breite Palette an bioinformatischen Dienstleistungen an, die darauf ausgerichtet sind, die Analyse von genomischen (Next-Generation-Sequencing) Daten zu unterstützen. Dazu gehören Standardanalysen wie die taxonomische Analyse von Amplikon-Daten, die metagenomische Assemblierung und Sortierung (Binning) von Sequenzen oder Genomanotationen. Außerdem entwickeln wir maßgeschneiderte bioinformatische Analyseverfahren, welche wir sorgfältig auf der Grundlage des Datensatzes und der Anforderungen der Kunden auswählen. Eine vollständige Liste unserer Dienstleistungen finden Sie auf unserer Dienstleistungsübersichtsseite.
Für Kunden, die ihre eigene Analyse durchführen möchten, bieten wir Softwarepakete an. Diese können mit unserer Unterstützung lokal installiert werden können und dann vom Kunden selbst angewendet werden. Für Anfragen verwenden Sie bitte unser Kontaktformular oder senden Sie uns eine E-Mail an info@greengategenomics.com
Auf der unserer Dienstleistungen- und Serviceseite listen wir die am häufigsten verwendeten Arten von bioinformatischen Analyseanfragen und Arbeitsabläufen auf. Wenn Sie dort ein spezielles Analyseverfahren, welches Sie interessiert, nicht finden können, kontaktieren Sie uns bitte direkt oder schreiben Sie uns an info@greengategenomics.com mit Ihrer Anfrage und wir werden uns schnellstmöglich bei Ihnen melden.
Wenn Sie bei uns eine bioinformatische Pipeline oder die Entwicklung eines Workflows zur Selbstanwendung in Auftrag geben, umfasst dies in der Regel eine Schulung, die Sie bei der Installation, Implementierung und Ausführung dieser Tools unterstützt. Wir stehen Ihnen bei der Fehlerbehebung zur Seite und stellen sicher, dass die gelieferte Pipeline die gewünschten Ergebnisse liefert. Abhängig vom vereinbarten Leistungspaket aktualisieren wir Ihre Pipeline regelmäßig.
Darüber hinaus bieten wir individuelle Schulungen für bestimmte Arbeitsabläufe (z. B. 16S-Amplikon-Datenanalyse oder metagenomische Auswertung). Diese können helfen Sie und/oder Ihre Gruppe oder Ihr Team mit häufig eingesetzten bioinformatischen Analysen vertraut zu machen. Bitte kontaktieren Sie uns mit Ihrem Anliegen, um mehr über diesen Service zu erfahren und ein Angebot zu erhalten.
Ja, wir beraten Sie gerne in einem Erstgespräch, welche bioinformatischen Analysen für Ihr Projekt geeignet sind und wie diese am besten umgesetzt werden können. Wir können Ihnen Kosten- und Zeitschätzungen unterbreiten und sogar eine vorläufige Datenanalyse durchführen, um erste Hypothesen zu überprüfen.
Wir verfassen Ihnen gerne methodische Darstellungen, in denen bioinformatische Analysen beschrieben werden. Diese können dann zum Beispiel für eine wissenschaftlichen Veröffentlichung (Peer reviewed manuscripts) oder im Rahmen eines Förderantrags für ein zukünftiges Projekt genutzt werden.
Gerne unterstützen wir Sie auch dabei, Ihre Genomdaten optimal für die Veröffentlichung in Fachzeitschriften vorzubereiten und zu interpretieren und dann effektiv zu präsentieren.
Expertise
Durch moderne Next-Generation-Sequenzierverfahren sind genomische Analysen zu einem der wichtigsten Werkzeuge in der modernen Mikrobiologie geworden. Diese Entwicklung führt allerdings auch zu immer weiterwachsenden genomischen Sequenzierdatenmengen welche durch diese Verfahren generiert werden.
Dabei bleibt die genaue Analyse der generierten Sequenzierdaten einer der größten Engpässe in der Molekular- und Mikrobiologie. Spezielle bioinformatische Expertise und Erfahrung sind erforderlich, um genomische Daten korrekt zu verarbeiten und hochwertige Ergebnisse zu erzielen. Diese sind besonders für wissenschaftliche Veröffentlichungen und Berichte aber auch für präzise Diagnostik wichtig. Durch eine unbegrenzte und unübersichtliche Anzahl von bioinformatischen Programmen, Skripten, und Softwareangeboten, welche in verschiedenen Repositorien, Datenbanken und Webseiten von unterschiedlichen Anbietern hinterlegt sind, ist die Auswahl der richtigen Analysestrategie vorallem für nicht sachkundige Benutzer eine anspruchsvolle Aufgabe.
Mit den Experten von GreenGate Genomics an Ihrer Seite können Sie sicher sein, das Beste aus Ihren genomischen Daten herauszuholen. Mit unserem Know-how können wir Ihr Projekt genau unterstützen, die geeignetste Analysestrategie entwickeln und die passsenden und präzisesten bioinformatischen Werkzeuge und Anwendungen auswählen. In dem sich schnell verändernden Angebot bioinformatischer Anwendungen und Tools sind wir stets auf dem neusten Stand, so, dass unsere Kunden sicher sein können, dass ihre Daten mit den wissenschaftlich bewährten Methoden, Arbeitsabläufen und Softwarelösungen analysiert werden.
Die Einstellung einer Person mit Fachkenntnissen im Bereich der Bioinformatik scheint der naheliegendste Gedanke zu sein, wenn es darum geht, genomische Daten ohne eigene Expertise zu analysieren. Es gibt jedoch mehrere Gründe, warum die Auslagerung dieser Analysen und die Zusammenarbeit mit GreenGate Genomics die bessere Wahl ist:
Die Einstellung eines gut qualifizierten, Vollzeit-Bioinformatikers kann teuer sein. Neben den Kosten für Gehalt und Rekrutierung müssen auch angemessene Arbeitsräume (Büro, Rechenhardware und -software) berücksichtigt werden.
Bei der Zusammenarbeit mit GreenGate Genomics zahlen Sie nur für die Analysen, die Sie tatsächlich benötigen und nur zu dem Zeitpunkt an dem Sie sie benötigen. Wenn Ihr Team/Ihr Projekt nicht genügend genomische Daten generiert, um eine Vollzeitstelle für einen Bioinformatiker zu rechtfertigen, ist die Suche nach externer Hilfe der zeitsparendste und kostengünstigste Ansatz.
Bei GreenGate Genomics erhalten Sie die Unterstützung eines Teams von Bioinformatikexperten, die eine Vielzahl von Spezialkompetenzen abdecken.
Die Beschäftigung eines Bioinformatikers bedeutet zusätzliche administrative und Managementaufgaben. Ein Bioinformatiker kann die Position jederzeit verlassen, während die Zusammenarbeit mit einem externen Anbieter Ihnen einen zuverlässigen Partner garantiert, der ihre Arbeiten unterstützt und Ergebnisse liefert, wenn Sie ihn brauchen.
Bei GreenGate Genomics konzentrieren wir uns auf die bioinformatische Datenanalyse im Bereich der Umwelt- und Molekularmikrobiologie. Wir verfügen über umfangreiche Erfahrung in dieser Thematik und glauben, uns insbesondere durch unser Know-how bei der Arbeit mit genomischen Datensätzen aus anspruchsvollen Umweltproben von anderen Anbietern abzuheben.
Weiterhin haben wir das Fachwissen und die Fähigkeit, genomische Daten aus einer Vielzahl von Quellen und Proben zu verarbeiten. Jedes Projekt ist einzigartig, und wenn Sie mehr darüber erfahren möchten, welche Art von Analysen wir schon durchgeführt haben, besuchen Sie unsere Casestudy-Seite oder kontaktieren Sie uns direkt über info@greengategenomics.com oder schreiben Sie uns über unser Kontaktformular.
Zusammenarbeit
Die Kosten für eine von uns durchgeführte Analyse oder für eine von uns entwickelte Pipeline hängen von der Datenmenge, der Art der Analyse und anderen Anforderungen ab, die am besten in einem kurzen Meeting festgelegt werden können. Wenn Sie daran interessiert sind, mit uns zusammenzuarbeiten, senden Sie uns bitte eine kurze E-Mail mit Ihrer Anfrage (z. B. welche Analyse, Anzahl der Proben usw.). Abhängig vom Umfang Ihrer Anfrage senden wir Ihnen schnell eine Kosteneinschätzung. Andernfalls werden wir Sie um ein kurzes Meeting (kostenlos) bitten, um weitere Details zu Ihrem Projekt zu erfahren. Basierend auf diesem Austausch werden wir dann ein Angebot für Ihren gewünschten Service zusammenstellen.
Die endgültigen lieferbaren Ergebnisse eines Projekts hängen von den zu Beginn getroffenen Vereinbarungen ab. Im Falle einer bioinformatischen Analyse stellen wir Ihnen verschiedene Arten von Tabellen und Abbildungen sowie Beschreibungen der verwendeten Workflows zur Verfügung. Diese Informationen werden Ihnen in einem Bericht oder auf Anfrage als einzelne Dateien zur Verfügung gestellt.
Wenn wir für Sie einen Workflow/Pipeline entwickelt haben, stellen wir Ihnen die erforderlichen Dateien zur Installation der Software auf Ihrem Computer zur Verfügung. Es gibt verschiedene Möglichkeiten, wie die Software an Sie übermittelt werden kann (Docker, Conda), und dies wird zu Beginn vereinbart. Darüber hinaus stellen wir Ihnen die relevanten Dokumentationen und Anleitungen für die Software zur Verfügung und bieten eine Schulungssitzung an, um Sie bei der Installation zu unterstützen, Sie mit der Anwendung vertraut zu machen und für eventuelle Problembehebungen zur Verfügung zu stehen.
Wir führen die Analyse für Sie durch, benötigen jedoch keine Mitautorenschaft. Falls möglich, sollte in der Methoden-Sektion erwähnt werden, dass die Daten von einem externen Anbieter, GreenGate Genomics, verarbeitet wurden. Wenn Sie möchten, dass wir Ihnen bei der Erstellung des Manuskripts helfen und zur Interpretation der Daten beitragen, stehen wir Ihnen gerne zur Verfügung und können dann als Mitautor aufgeführt werden. Eine Liste der von uns verfassten/mitverfassten Arbeiten und Publikation finden Sie hier.
