Was ist ein Sankey Plot?

In der Mikrobiomanalyse wird ein Sankey-Plot verwendet, um die Verteilung und relative Häufigkeit verschiedener taxonomischer Ebenen innerhalb einer mikrobiellen Gemeinschaft zu veranschaulichen. Es zeigt den Fluss mikrobieller Populationen von höheren taxonomischen Ebenen (wie Stämmen) zu niedrigeren Ebenen (wie Arten). Der Plot verwendet Pfeile oder Verbindungen, deren Breite proportional zur Häufigkeit des Vorkommens jedes Taxons ist, um zu zeigen, wie die mikrobielle Vielfalt aufgeteilt ist und wie verschiedene Taxa zur Gesamtstruktur der Gemeinschaft beitragen.

Nutzung: Mit diesem Tool lässt sich die taxonomische Verteilung eines Amplikon-Datensatzes (z. B. 16S- oder 18S-rRNA) darstellen

Benötigter Input: Eine CSV-Datei, in der die Taxonomie jedes identifizierten ASV aufgeführt ist (ein Beispiel heruntergeladen: hier)

Output: Eine SVG-Datei, die die Verteilung auf verschiedene taxonomische Ebenen im gesamten Datensatz darstellt

Das Tool kann über die Schaltfläche unten aufgerufen werden: