Über uns
GreenGate Genomics ist ein Biotechnologie-Start-up mit Sitz in Potsdam. GreenGate Genomics wurde von einer Gruppe von Wissenschaftlern des traditionsreichen Deutschen Forschungszentrums für Geowissenschaften (GFZ) gegründet und befindet sich in unmittelbarer Nähe auf dem Forschungs- und Wissenschaftscampus Telegrafenberg. Die Mitarbeiter von GreenGate sind hochqualifizierte Bioinformatiker und Mikrobiologen mit besonderer Expertise in den Bereichen Umwelt- und Molekularmikrobiologie.
SERVICE
Wir bieten unseren Kunden eine breite Palette an bioinformatischen Dienstleistungen an, die darauf ausgelegt sind, dich bei der Analyse genomischer Daten (Next-Generation-Sequencing) zu unterstützen. Dazu gehören Standardanalysen wie die taxonomische Analyse von Amplikondaten oder die metagenomische Assemblierung und das Binning, aber auch vollständig maßgeschneiderte Analyse-Workflows, die wir sorgfältig auf der Grundlage des Datensatzes und der Kundenanforderungen auswählen. Eine vollständige Liste unserer Dienstleistungen findst du auf unserer Service - Übersichtsseite
Für Kunden, die ihre eigenen Analysen durchführen möchten, bieten wir eine Vielzahl von Softwarepaketen an, die wir bereitstellen und die mit unserer Unterstützung lokal installiert werden können. Für alle Anfragen nutze bitte unser Kontaktformular oder sende uns eine E-Mail an info@greengategenomics.com
Auf der Service listen wir die am häufigsten nachgefragten Arten von bioinformatischen Analysen und Arbeitsabläufen auf. Solltest du die von dir gewünschte Analyse dort nicht finden, wende dich mit deiner Nachfrage bitte direkt an uns unter info@greengategenomics.com und wir melden uns so bald wie möglich zurück.
Wenn du bei uns eine bioinformatische Pipeline/einen Workflow in Auftrag gibst, ist in der Regel eine Schulung enthalten, die dir bei der Installation, Implementierung und Ausführung dieser Tools hilft. Wir stehen dir bei der Fehlerbehebung zur Seite und stellen sicher, dass die gelieferte Pipeline die gewünschten Ergebnisse und Ausgabedaten liefert. Je nach dem vereinbarten Leistungspaket aktualisieren wir deine Pipeline regelmäßig.
Darüber hinaus bieten wir individuelle Schulungen für bestimmte Arbeitsabläufe an (z. B. zur Analyse von 16S-Amplikondaten oder zum metagenomischen Binning), um dir den Umgang mit gängigen bioinformatischen Analysemethoden zu erleichtern. Bitte kontaktiere uns mit deiner Anfrage, um mehr über diesen Service zu erfahren und ein Angebot zu erhalten.
Schließlich bietet GreenGate Genomics regelmäßig Workshops zu relevanten Themen der Bioinformatik an. Folge uns auf Twitter unter @greengategenom oder besuche unsere Website, um Ankündigungen und unseren Workshop-Kalender einzusehen.
Ja, wir bieten dir eine erste Beratung dazu an, welche bioinformatischen Analysen für dein Projekt geeignet sind und wie diese am besten umgesetzt werden können. Wir erstellen dir Kosten- und Zeitvoranschläge und führen sogar erste Datenanalysen durch, um deine Hypothesen zu untermauern.
Wir können auch Methodenteile erstellen, in denen bioinformatische Analysen beschrieben werden, die im Rahmen eines Manuskripts durchgeführt wurden oder im Rahmen eines zukünftigen Projekts durchgeführt werden sollen. Darüber hinaus beraten wir dich gerne dazu, wie du deine Genomdaten in einem Manuskript für die Veröffentlichung in einer Fachzeitschrift mit Peer-Review am besten darstellen und interpretieren kannst.
Expertise
Mit dem Aufkommen von Next-Generation-Sequencing haben sich Genomanalysen zu einem der wichtigsten Werkzeuge der modernen Mikrobiologie entwickelt, was dazu führt, dass täglich riesige Mengen an Genomsequenzierungsdaten anfallen. Doch während die Sequenzierung von genetischem Material einfacher und kostengünstiger geworden ist, bleibt die genaue Analyse der generierten Sequenzierungsdaten einer der größten Engpässe in diesem Forschungsbereich. Für die korrekte Verarbeitung genomischer Daten und die Erzielung hochwertiger Ergebnisse, die für wissenschaftliche Publikationen, Berichte und Diagnosen geeignet sind, sind spezielle bioinformatische Fachkenntnisse und Erfahrung erforderlich. Angesichts der unüberschaubaren Vielzahl an Programmen, Software und Skripten, die in verschiedenen Repositorien und auf verschiedenen Websites verfügbar sind, stellt die Auswahl der richtigen Analysestrategie für Laien eine große Herausforderung dar.
Mit den Experten von GreenGate Genomics an Ihrer Seite kannst du sicher sein, dass du das Beste aus deinen Genomdaten herausholst. Mit unserem Know-how können wir dein Projekt gezielt unterstützen, die am besten geeignete Analysestrategie entwickeln und die nützlichsten bioinformatischen Werkzeuge auswählen. Wir halten uns stets auf dem neuesten Stand der sich rasch wandelnden Landschaft der bioinformatischen Tools, damit unsere Kunden:innen sicher sein können, dass ihre Daten mit den genauesten, wissenschaftlich erprobten und anerkannten Workflows und Softwarelösungen analysiert werden.
Die Einstellung eines Experten auf dem Gebiet der Bioinformatik scheint der erste Gedanke zu sein, wenn Genomdaten analysiert werden müssen, ohne dass intern entsprechendes Fachwissen vorhanden ist. Es gibt jedoch mehrere Gründe, warum die Auslagerung dieses Analyseschritts und die Zusammenarbeit mit GreenGate Genomics die bessere Wahl sein könnte.
- Die Einstellung eines gut qualifizierten Bioinformatikers in Vollzeit kann kostspielig sein. Neben den Kosten für Gehalt und Personalbeschaffung muss auch ein geeigneter Arbeitsplatz (Büro, Computerhardware und -software) berücksichtigt werden
- Bei einer ZUsammenarbeit mit GreenGate Genomicszahlst du nur für die Analysen, die du tatsächlich benötigst, und zwar genau dann, wenn du sie benötigst. Wenn dein Team oder dein Projekt nicht genügend Genomdaten generiert, um eine Vollzeitstelle für einen Bioinformatiker zu rechtfertigen, ist die Inanspruchnahme externer Hilfe der zeit- und kosteneffizienteste Ansatz.
- Bei GreenGate Genomics bekommst du Hilfe von einem Team von bioinformatischen Experten, welche eine große Bandbreite von speziellen Kompetenzern abdecken.
- Einen Bioinformatiker zu beschäftigen, bedeutet zusätzlichen Verwaltungs- und Managementaufwand. Ein Bioinformatiker kann zudem jederzeit kündigen, während die Zusammenarbeit mit einem externen Dienstleister dir einen zuverlässigen Partner garantiert, der bei Bedarf liefert.
Bei GreenGate Genomics konzentrieren wir uns auf die bioinformatische Datenanalyse im Bereich der Umwelt- und Molekularmikrobiologie. Wir verfügen über umfangreiche Erfahrung in diesen Bereichen und sind davon überzeugt, dass wir uns von anderen Anbietern insbesondere durch unser Know-how bei der Arbeit mit Genomdatensätzen aus anspruchsvollen Umweltproben abheben. Dennoch verfügen wir über das Fachwissen und die Kapazitäten, um Genomdaten aus einer Vielzahl von Quellen und Proben zu verarbeiten. Jedes Projekt ist einzigartig. Wenn du mehr darüber erfahren möchten, welche Art von Analysen wir durchgeführt haben, besuche unsere Fallstudien - Seite oder kontaktiere uns direkt via info@greengategenomics.com oder unserem Kontaktformular.
Work With Us
Die Kosten für eine von uns durchgeführte Analyse oder eine von uns entwickelte Pipeline hängen vom Datenumfang, der Art der Analyse und weiteren Anforderungen ab, die am besten in einem kurzen Gespräch geklärt werden können. Wenn du an einer Zusammenarbeit mit uns interessiert bist, sende uns bitte eine kurze E-Mail mit deiner Anfrage (z. B. Art der Analyse, Anzahl der Proben usw.). Je nach Umfang deiner Anfrage senden wir dir umgehend einen Kostenvoranschlag zu. Andernfalls vereinbaren wir gerne einen kurzen (kostenlosen) Termin mit dir, um weitere Details zu deinem Projekt zu besprechen. Auf Grundlage dieses Gesprächs erstellen wir dir dann ein Angebot für die von dir gewünschte Dienstleistung.
GreenGate Genomics respektiert deine Privatsphäre, erhebt keinen Anspruch auf die Daten und gibt diese nicht an Dritte weiter. Auf Wunsch schließen wir eine Geheimhaltungsvereinbarung (Non-Disclosure Agreement - NDA) ab, die die Weitergabe und Nutzung deine Daten reguliert.
Das Endergebnis eines Projekts hängt von den zu Beginn vereinbarten Leistungen ab. Im Falle einer bioinformatischen Analyse stellen wir dir verschiedene Arten von Tabellen und Abbildungen sowie Beschreibungen der verwendeten Arbeitsabläufe zur Verfügung. Diese Informationen erhältst du in Form eines Berichts oder auf Wunsch als einzelne Dateien.
Sollten wir einen Workflow bzw. eine Pipeline für dich entwickelt haben, stellen wir dir die erforderlichen Dateien zur Verfügung, damit du die Software auf deinem Computer installieren kannst. Es gibt verschiedene Möglichkeiten, wie dir die Software bereitgestellt werden kann (Docker, Conda), worüber wir uns zu Beginn abstimmen werden. Darüber hinaus stellen wir dir die entsprechende Dokumentation zur Software zur Verfügung und bieten eine Schulung an, um dich bei der Installation zu unterstützen, dich mit der Anwendung vertraut zu machen und dir bei der Fehlerbehebung zur Seite zu stehen.
Wir übernehmen die Analyse für dich, verlangen jedoch keine Co-Autorschaft. Falls möglich, sollte im Abschnitt „Methodik“ erwähnt werden, dass die Daten von einem externen Dienstleister, GreenGate Genomics, verarbeitet wurden. Wenn du möchtest, dass wir dich bei der Erstellung des Manuskripts unterstützen und zur Interpretation der Daten beitragen, helfen wir dir gerne weiter und können dann als Co-Autor aufgeführt werden. Eine Liste der von uns verfassten oder mitverfassten Artikel findst du hier. Bitte besprich diese Details bei unserem Beratungsgespräch mit uns, damit wir deinem Wünschen gerecht werden können.