Metagenomics
Die Metagenomik, auch als WGS-Metagenomik bezeichnet, bietet eine objektive Methode zur Untersuchung mikrobieller Gemeinschaften. Im Gegensatz zu Amplikon-basierten Analysen findet keine Amplifikation und keine Vorauswahl der Ziel-DNA statt. Dies kann von Vorteil sein, aber auch problematisch, z. B. bei Proben mit hohem Anteil von Pflanzenmaterial.
Die Metagenom-Sequenzierung liefert detailliertere Informationen und ermöglicht die Analyse von Genfunktionen. Allerdings ist die Sequenzierung in der Regel auch 10- bis 20-mal teurer als Amplikon- Sequenzierung. Des Weiteren erfordern die Datenaufbereitung und -prozessierung mehr Fachwissen. Auch wird mehr Zeit für die Analyse benötigt.
Sequenzierung
Für die metagenomische Sequenzierung greifen wir auf externe Sequenzierungsdienstleister zurück. Dank unserer Fachkompetenz können wir für dich den besten Anbieter hinsichtlich DNA-Qualität und Sequenzierungskosten auswählen. Darüber hinaus kümmern wir uns um die Beauftragung und die Probenhandhabung.
Bioinformatik
Die Prozessierung und Analyse von Metagenomdaten erfordert bioinformatisches Fachwissen und leistungsstarke Hardware. Wir können die Basisverarbeitung für dich übernehmen oder die vollständige Analyse einschließlich Statistik und Visualisierung durchführen.
Metagenome Explorer
Coming soon!
Wir entwickeln ein Software-Tool, mit dem du deine metagenomischen Daten selbstständig untersuchen und auswerten kannst. Bleib auf dem Laufenden und folge uns:
Für Kosten und Beispielprojekte, schau im Preise Bereich.
Metagenomik Sequenzierung
Die metagenomische Sequenzierung von Proben mikrobieller Gemeinschaften kann in unterschiedlicher Tiefe durchgeführt werden. Die Sequenzierungstiefe sollte von der Komplexität der Gemeinschaft abhängen und an deine Fragestellung angepasst sein. Wenn du keine weiteren Informationen hast könnten 40–50 Millionen Read-Paare mit einer Länge von 2 × 150 bp eine gute Option sein.
Wir verfügen über Erfahrung mit Proben mit geringer Biomasse und arbeiten mit spezialisierten Sequenzierungsanbietern zusammen, die auch problematische Proben mit einer DNA-Konzentration unter 1 ng/μl bearbeiten können.
Die Preise liegen in der Regel zwischen 150 und 250 € pro Probe. Für Preisbeispiele, schau unten.
Bioinformatik Metagenomik
Wir bieten verschiedene Tiefen der bioinformatischen Prozessierung und Analyse an:
Basic bioinformatische Prozessierung
Das Basic - Paket umfasst unsere standardmäßige metagenomische Prozessierung und liefert assemblierte Contigs, vorhergesagte und funktionell annotierte Gene sowie prokaryotische MAGs (metagenome assembly genomes).
Die Preise liegen zwischen 50 und 150 € pro Probe, je nach Umfang deines Projekts.
Custom bioinformatische Prozessierung und Analyse
Das Advanced - Paket umfasst alle Leistungen des Basic - Pakets und bietet darüber hinaus maßgeschneiderte Analysen. Interessierst du dich für die Häufigkeit bestimmter Genfunktionen oder Stoffwechselwege? Wir helfen dir dabei, deine Zielparameter zu identifizieren, führen statistische Auswertungen durch und erstellen maßgeschneiderte Visualisierungen.
Je nach Projekt und deinen Fragestellungen kann der Arbeitsaufwand stark variieren. Preisvoranschläge können nach einem kurzen Gespräch erstellt werden. Du kannst dein Meeting hier buchen.
Preise
Sequenzierung - Preise:
Die Preise variieren je nach Sequenziertiefe, DNA-Konzentration und Gesamtmenge:
- Ausreichende DNA-Menge und 40–50 Mio. Illumina-Read-Paare (2×150): ca. 200 € pro Probe
- Geringe DNA-Menge und komplexe mikrobielle Gemeinschaft mit Sequenzierung von 100 Millionen Read-Paaren: ca. 300 € pro Probe
- Die Nanopore-Sequenzierung kann die üblichen short-Reads ergänzen.
Bioinformatik - Preise
- Basis-Prozessierung: 50 - 150 € pro Probe
- Maßgeschneiderte Projekte: je nach Arbeitsaufwand 2000–10.000 €