Innovationproject - GreenGate Genomics

Innovationsprojekt: Entwicklung einer Software für die präzise Klassifikation von Amplikondaten aus Oxford Nanopore Technologies Sequencing

Einleitung:

Oxford Nanopore Technologies (ONT) is an emerging company with a facinating technolgy offering sequencing via nanopores. It brings back sequencing to your own lab at reasonable costs and allows sequencing of long reads. The technology is constantly improved and many new application cases arise. However, analysing ONT data can be challenging and different bioinformatic tools exist to for the downstream processing. Especially, the precise taxonomic classification of full length marker genes, e.g. the 16S rRNA gene or the ITS region, can be problematic.

Ziel des Projektes:

Mit diesem Projekt zielen wir auf die Entwicklung einer Softwarelösung, die eine verlässliche und genaue Klassifizierung von Amplikon- und Metabarcoding-Daten (wie 16S rRNA und andere) erlaubt. Durch das Verwenden der langen Reads, wollen wir eine Klassifizierung auf Artenebene ermöglichen wann immer dies möglich ist. Als Ergebnis möchten wir einen benutzerfreundliche Lösung anbieten, damit die Technologie eine breite Anwendung finden kann.

Für dieses betriebliche Innovationprojekt wird ein/eine Werksstudierende beschäftigt.

Diese Projekt wird aus Mitteln der Europäischen Union und des Landes Brandenburg gefördert. and by the State Brandenburg.