Innovationsprojekt: Entwicklung einer Software für die präzise Klassifikation von Amplikondaten aus Oxford Nanopore Technologies Sequencing

Einleitung:

Oxford Nanopore Technologies (ONT) ist ein aufstrebendes Unternehmen mit einer faszinierenden Technologie die Sequenzierung mittels Nanoporen ermöglicht. Damit wird die Sequenzierung zu erschwinglichen Kosten wieder ins eigene Labor gebracht und die Sequenzierung langer Read-Längen ermöglicht. Die Technologie wird ständig weiterentwickelt, und es ergeben sich viele neue Anwendungsmöglichkeiten. Die Analyse von ONT-Daten kann jedoch eine Herausforderung darstellen, und für die weitere Verarbeitung stehen verschiedene bioinformatische Werkzeuge zur Verfügung. Insbesondere die genaue taxonomische Einordnung von Markergenen in voller Länge, z. B. des 16S-rRNA-Gens oder der ITS-Region, kann problematisch sein. 

Ziel des Projektes:

Mit diesem Projekt zielen wir auf die Entwicklung einer Softwarelösung, die eine verlässliche und genaue Klassifizierung von Amplikon- und Metabarcoding-Daten (wie 16S rRNA und andere) erlaubt. Durch das Verwenden der langen Reads, wollen wir eine Klassifizierung auf Artenebene ermöglichen wann immer dies möglich ist. Als Ergebnis möchten wir einen benutzerfreundliche Lösung anbieten, damit die Technologie eine breite Anwendung finden kann.

Für dieses betriebliche Innovationprojekt wird ein/eine Werksstudierende beschäftigt.

Diese Projekt wird aus Mitteln der Europäischen Union und des Landes Brandenburg gefördert. and by the State Brandenburg.

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